Fué fundada por la Iglesia del Dios Viviente de la Mision Centroamericana, siendo su pastor Uriel Nahum Gómez Sanchez.
Ebenezer inició como un campo misionero de la Iglesia del Dios Viviente, al fundarse el Anexo de Batahola Sur en el año 1989, cinco familias de la iglesia del Dios Viviente se fueron a vivir a este nuevo asentamiento.
La Iglesia del Dios Viviente como parte del acompañamiento pastoral a sus miembros funda la congregación Ebenezer.
